2010
Adámek, Z., Helešic, J., Maršálek, B., Rulík, M. (2010): Aplikovaná hydrobiologie. Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Fakulta rybářství a ochrany vod. 350 pp.
Badurová P, Hýblová A, Rulík M (2010): Detekce metanogenních archeí a metanotrofních bakterií v říčních sedimentech toku Sitky. pp. 74. In: Sborník abstraktů z “25. Kongresu ČSSM”, Stará Lesná, Vysoké Tatry, 15.-18.9. 2010
Brablcová, L., Brablcová, L., Buriánková, I., Cupalová, J., Mach, V., Hýblová A., Badurová, P, Rulík, M. (2010): Activity and structure of microbial biofilm in river sediements with focus on methane production. Abstract and poster. In: Biofilms IV. 4th International Conference, 1-3 September 2010, Winchester, UK
Brablcová, L., Buriánková, I., Hýblová A., Badurová, P., Cupalová, J., Mach, V., Bednařík, A., Rulík, M. (2010): Struktura a distribuce mikrobiálního společenstva hyporheického biofilmu ve vztahu k procesům metanogeneze a metanotrofie. pp. 3. In: Sborník abstraktů a příspěvků z “ Symposium Říční dno VII”, 2.-4. 11. 2010, Šlapanice u Brna (abstrakt)
Michalička, J., Rulík, M. (2010): Vliv fluktuace průtoku během vodáckých závodů na zoobentos Labe v úseku pod přehradou Labská (Špindlerův mlýn). pp. 28. In: In: Sborník abstraktů a příspěvků z “ Symposium Říční dno VII”, 2.-4. 11. 2010, Šlapanice u Brna (abstrakt)
Rulík, M., Brablcová, L., Buriánková, I., Cupalová, J., Mach, V., Hýblová A., Badurová, P., Bednařík, A., Vašková, M., Čáp L. (2010): Hyporheický biotop a jeho význam pro fungování toku: stav našeho poznání v roce 2010. pp. 48. In: Sborník abstraktů a příspěvků z “ Symposium Říční dno VII”, 2.-4. 11. 2010, Šlapanice u Brna (abstrakt)
Rulík, M., Mach, V. (2010): Jsou zdrojem skleníkových plynů říčky? Pátrání po dalších zvláštnostech koloběhu uhlíku. Vesmír 89, 6: 383-385
Rulík, M. (2010): Species of vernal pools – proposal of umbrella species for management of floodplain forest biotopes, main management measures in biotopes for proposed umbrella species. pp. 81-98. In: Machar, I. (ed.): Biodiverzity and target management of floodplain forests in the Morava River basin. Univerzita Palackého v Olomouci, 227 pp.
2009
Brablcová, L., Buriánková, I., Rulík, M. (2009): Mikrobiální biofilmy tekoucích vod. pp. 42-49. In: Prokšová, M., Seman, M. (eds.): Zborník prednášok a posterov “Mikrobiológia vody 2009”, Poprad, 30.9-2.10 2009
Brablcová, L., Buriánková, I., Lee, S.-H., Kim, D.-H., Cupalová, J., Rulík, M. (2009): Fylogenetická analýza metanogenních archeí a metanotrofních bakterií v hyporheickém sedimentu pomocí klonování a sekvenace genů mcra a 16S rRNA genů (abstrakt). pp. 31-32. In: Kröpfelová, L., Šulcová, J. (eds.): Sborník příspěvků 15. konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti, Třeboň, 22.-26. června 2009
Buriánková, I., Brablcová, L., Cupalová, J., Mach, V., Rulík, M. (2009): Využití moderních molekulárních metod pro detekci metanogenů a metanotrofních bakterií ze sedimentů tekoucích vod. In: Prokšová, M., Seman, M. (eds.): Zborník prednášok a posterov “Mikrobiológia vody 2009”, Poprad, 30.9-2.10 2009
Mach, V., Cupalová, J.,Brablcová, L., Buriánková, I., Čáp, L., Rulík, M. (2009): Odpovídá metanogenní a metanotrofní aktivita hyporheických sedimentů malého nížinného toku Sitka složení bakteriálního společenstva ? (abstrakt). pp. 173-174. In: Kröpfelová, L., Šulcová, J. (eds.): Sborník příspěvků 15. konference České limnologikcé společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti, Třeboň, 22.-26. června 2009
Rulík, M., Mach, V., Brablcová, L., Buriánková, I., Cupalová, J. (2009): Linking organic carbon cycling within hyporheic zone of a small lowland river and greenhouse gases emissions (abstract). NABS 57th Annual Meeting, Grand Rapids, Michigan, May 17-22, 2009
Rulík, M., Lee Sang-Hoon, Kim Do-Hyoung, Škutová M., Cupalová J. (submitted): Magnetotactic bacteria evidenced by molecular cloning and sequencing of 16S rRNA genes in selected freshwater sediments from the Czech Republic. Journal of Microbiology and Biotechnology
Rulík, M., Marková, Z. (2009): Magnetotaktické bakterie – charakteristika a význam. pp. 104-119. In: Prokšová, M., Seman, M. (eds.): Zborník prednášok a posterov “Mikrobiológia vody 2009”, Poprad, 30.9-2.10 2009
2008
Adámek, Z. , Helešic, J., Maršálek, B., Rulík, M. (2008): Aplikovaná hydrobiologie. Jihočeská Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický ve Vodňanech, 257 pp. , ISBN 978-80-85887-79-2
*Lelková, E, Rulík, M., Hekera, P., Dobiáš, P., Poulíčková, A., Hašler, P., Dolejš, P., Borovičková, M. (2008): The influence of the coagulant PAX-18 on Planktothrix agardhii bloom in a small shallow eutrophic fishpond. Fottea 8(2): 147–154, 2008
Rulík, M., Mach, V., Jana Cupalová, Lenka Brablcová, Iva Buriánková, Lubomír Čáp (2008): Running waters as an important source of methane emissions to atmosphere: preliminary results from the Sitka stream, Czech Republic. Journal of Environmental Science and Engineering (HUFS, IES).
2007
Brablcová, L., Rulík, M. (2007): The comparison of abundance of attached and free-living bacteria in water column of two gravel-sand pit lakes. Acta Universitatis Carolinaeana Environmentalica 21: 31-34
Cupalová, J., Rulík, M. (2007): Bacterial community analysis in river hyporheic sediments - the influence of depth and particle size. Acta Universitatis Carolinaeana Environmentalica 21: 47-56
*Koutný, J., Rulík, M. (2007): Hyporheic biofilm particulate organic carbon (BPOC) in a small lowland stream Sitka (Czech Republic): structure and distribution. Int. Rev. Hydrobiol. 92, 4-5: 402-412
Mašlaňová, M., Rulík, M. (2007): Vliv mikrobiálního znečištění v odtoku z ČOV Olomouc na vodní recipient. Vodní hospodářství 10: 357-359
*Opluštil, S., Chrastina, D., Rulík, M., Barták, P., Bednář, P., Čáp, L. (2007): Analýza fosfolipidových biomarkerů plynovou chromatografií. Chemické listy 101: 236-240
Rulík, M., Výtisková, M., Poulíčková A. (2007): Is there a difference between surface stream and hyporheic zone biofilms ? Acta Universitatis Carolinaeana Environmentalica 21: 135-143
2006
*Hlaváčová, E., Rulík, M., Čáp, L., Mach, V. (2006): Greenhouse gas (CO2, CH4, N2O) emissions to the atmosphere from a small lowland stream in Czech Republic. Archiv für Hydrobiologie 165, 3: 339-353
Rulík, M. (2006): Biofilmy v distribučních systémech pitné vody. Vodní hospodářství 56,6.: 217-221
Rulík, M. (2006): Biofilmy ve vodárenství. pp. 51-68. In: Kalousková N, Dolejš P (eds.): Sborník konference „Pitná voda 2006“, Tábor
Rulík, M., Lelková, E., Dolejš, P., Hekera, P. (2006): PAX – 18 – možný prostředek boje proti eutrofizaci vodárenských nádrží ? pp. 70-73. In: Sb. Konference Vodárenská biologie 2006, Praha
*Trulleyová, Š., Koutný, J., Cupalová, J., Rulík, M. (2006): Bacterial growth and community composition in fractions of dissolved organic carbon of different molecular weights from interstitial water. Folia Microbiol. 51,5: 439-444
2005
Buriánková, I., Rulík, M. (2005): Příspěvek k poznání významu zaplavených kořenů vrb a olší v ekosystému říčního toku. pp. 32-37. In: Měkotová, J., Štěrba, O. (eds.): Sborník z pracovní konference „Říční krajina 3“, Olomouc 2005
*Hlaváčová, E., Rulík, M., Čáp, L. (2005): Anaerobic microbial metabolism within hyporheic sediments of a small lowland stream (Sitka stream, Czech Republic). River Res. Applic. 21: 1003-1011
Lelková, E., Rulík, M., Hekera, P., Dobiáš, P., Dolejš, P. (2005a): Použití koagulantu PAX-18 v podmínkách malého hypertrofního rybníka: Zkušenosti a první výsledky. Vodní hospodářství 6: 180-182
Lelková, E., Rulík, M., Hekera, P., Dobiáš, P., Dolejš, P. (2005b): Vliv koagulantu na vodní sloupec a sediment hypertrofního rybníka. pp. 300-305. In: Hucko P. (ed.): Sborník referátů z konference „Sedimenty vodných tokov“, Bratislava, 2005
*Trulleyová, Š., Rulík, M. (2005): DOC release from alder leaves and catkins during decomposition in a small lowland stream. Internat. Rev. Hydrobiol. 90,1: 33-41
2004
Lamačová, J., Barták, P., Rulík, M., Horký, J., Cupalová, J., Medková, J., Hubáčková, J. (2004): Charakteristika mikrobiálních biofilmů v rozvodech pitné vody pomocí analýzy PLFA. pp. 35-38. In: Sborník referátů ze semináře „Vodárenská biologie 2004“, Praha
Rulík, M., Lamačová, J., Barták, P., Duchoslav, M., Horký, J., Hucko, P. (2004): Characterization of microbial communities in reservoir and river sediments by phospholipid fatty acids analysis. 26- 30. In: Chroňáková, A., Krištůfek, V., Elhottová, D., Malý, S. (eds.): Proceedings of the 9th Methodological Workshop “Present methods for investigation of biodiversity of microbial community in soils and substrates, České Budějovice, 2.-3. March 2004
*Rulík, M., Spáčil, R. (2004): Extracellular enzyme activity within hyporheic sediments of a small lowland stream. Soil Biology & Biochemistry 36: 1653 - 1662
Rulík, M., Trulleyová, Š., Dolejš, P. (2004): Změny BDOC v pitné vodě během její úpravy. pp. 133 – 138. In: Sborník konference „Pitná voda 2004“, Tábor
*Trulleyová, Š., Rulík, M. (2004): Determination of biodegradable dissolved organic carbon in waters: comparison of batch methods. Science of the Total Environment 332: 253-260
2003
Hlaváčová, E., Rulík, M., Čáp, L. (2003): Emise skleníkových plynů (CO2, CH4 a NO2) z hyporheických sedimentů malého nížinného toku Sitka (Česká republika). pp. 35 – 41. In: Hucko, P. (ed.): Zborník prenášok z konferencie „Sedimenty vodných tokov a nádrží“, VÚVH Bratislava
Hlaváčová, E., Rulík, M., Čáp, L. (2003): Metanogeneze v hyporheických sedimentech malého nížinného toku. In: Bitušík, P., Novikmec, M. (eds.): Proc. 13th Conf. Slovak Limnol. Soc. & Czech Limnol. Soc., Banská Štiavnica, June 2003. Acta Fac. Ecol., 10, Suppl. 1: 31 – 33
Koutný, J., Rulík, M. (2003): Bakterie hyporheických biofilmů: abundance, biomasa a distribuce. pp. 212 – 218. In: Hucko, P. (ed.): Zborník prenášok z konferencie „Sedimenty vodných tokov a nádrží“, VÚVH Bratislava
Koutný, J., Rulík, M., Navrátil, M., Jezbera, J., Horňák, K. (2003): Stanovení hlavních fylogenetických skupin baktérií v hyporheických sedimentech malého nížinného toku (Sitka, ČR) pomocí fluorescenční hybridizace in situ (FISH). In: Bitušík, P., Novikmec, M. (eds.): Proc. 13th Conf. Slovak Limnol. Soc. & Czech Limnol. Soc., Banská Štiavnica, June 2003. Acta Fac. Ecol., 10, Suppl. 1: 35 - 37
Lamačová, J., Barták, P., Salomonová, S., Rulík, M., Horký, J. (2003): Studium mikrobiálních společenstev ve vybraných vzorcích prostřednictvím analýzy fosfolipidových mastných kyselin. In: Bitušík, P., Novikmec, M. (eds.): Proc. 13th Conf. Slovak Limnol. Soc. & Czech Limnol. Soc., Banská Štiavnica, June 2003. Acta Fac. Ecol., 10, Suppl. 1: 47 - 50
Pithart, D., Rulík, M., Černý, R., Marvan, P., Heteša, J., Merta, L., Hartvich, P., Hrbáček, J., Pechar, L. (2003): Vodní ekosystémy v nivě. pp. 37 – 53. In: Prach, K., Pithart, D., Francírková, T. (editoři): Ekologické funkce a hospodaření v říčních nivách. Botanický ústav AV ČR, Třeboň
Rulík, M. Lamačová, J., Barták, P., Salomonová S., Rolčík, J. (2003): Analýza fosfolipidových mastných kyselin jako prostředek pro studium komplexního mikrobiálního společenstva říčních sedimentů. pp. 219 – 223. In: Hucko, P. (ed.): Zborník prenášok z konferencie „Sedimenty vodných tokov a nádrží“, VÚVH Bratislava
Rulík, M., Tóthová, L., Koutný, J., Baudišová, D., Hekera, P., Hašler, P. (2003): Mikrobiální společenstva pisoárů. pp. 68-71. In: Mikrobiológia vody. Zbornik prednasok a posterov. Poprad 8-10.10.2003
Salomonová, S., Lamačová, J., Rulík, M., Rolčík, J., Čáp, L., Bednář, P., Barták, P. (2003): Determination of phospholipid fatty acids in sediments. Acta Univ. Acta Univ. Palacki. Olomuc. Fac.rer. nat., Chemica 42: 39– 49
Spáčil, R. Koutný, J., Rulík, M., Maryniok, M. (2003): Bakteriální abundance, biomasa a extracelulární enzymatická aktivita asociovaná s partikulovanou organickou hmotou malého nížinného toku (Sitka, Česká republika). pp. 224 – 230. In: Hucko, P. (ed.): Zborník prenášok z konferencie „Sedimenty vodných tokov a nádrží“, VÚVH Bratislava
Spáčil,R., Rulík,M. (2003): Distribuce bakteriální produkce a enzymatické aktivity v sedimentech říčního toku. In: Bitušík, P., Novikmec, M. (eds.): Proc. 13th Conf. Slovak Limnol. Soc. & Czech Limnol. Soc., Banská Štiavnica, June 2003. Acta Fac. Ecol., 10, Suppl. 1: 39 – 41
Spáčil, R., Rulík, M. (2003): Enzymatic activity within hyporheic sediments . In: Dick, R.P. (ed.): Program and Abstracts of the 2nd International Conference Enzymes in the Environment: Activity, Ecology & Applications. Praha, Czech Republic, July 14-17, 2003
Trulleyová, Š., Rulík, M. (2003): Hyporheické sedimenty jako zdroj rozpuštěného organického uhlíku v tocích. pp. 231 – 236. In: Hucko, P. (ed.): Zborník prenášok z konferencie „Sedimenty vodných tokov a nádrží“, VÚVH Bratislava
Trulleyová, Š., Rulík, M. (2003): Koncepční model transformace organického uhlíku v hyporheické zóně toku. In: Bitušík, P., Novikmec, M. (eds.): Proc. 13th Conf. Slovak Limnol. Soc. & Czech Limnol. Soc., Banská Štiavnica, June 2003. Acta Fac. Ecol., 10, Suppl. 1: 43 - 45
Trulleyová, Š., Rulík, M. (2003): Stanovení biodegradabilního rozpuštěného organického uhlíku ve vodách: srovnaní inkubačních metod. Vodní hospodářství 12, 325-328
Trulleyová, Š., Rulík, M. (2003): Stanovení biodegradabilního rozpuštěného organického uhlíku ve vodách: srovnaní inkubačních metod. pp. 39. In: Sborník referátů ze semináře „Vodárenská biologie 2004“, Praha
*Trulleyová, Š., Rulík, M., Popelka, J.(2003): Stream and interstitial water DOC of a gravel bar (Sitka stream, Czech Republic): characteristics, dynamics andpresumableorigin. Archiv für Hydrobiologie 158,3: 407 - 420
2002
Baudišová, D., Koukalová, H., Koutný, J., Spáčil, R., Rulík, M., Marková, P., Benáková, I., Rolčík, J. (2002): Stanovení Escherichia coli a enterokoků pomocí fluorogenních substrátů. pp. 1-4. In:
Baudišová, D. (ed.): Sborník referátů ze semináře „Mikrobiologie vody 2002“, Ostravice
Hlaváčová, E., Rulík, M. (2002): Bakteriální procesy dusíkového cyklu uvolňující plynné sloučeniny N ve vodách a sedimentech. pp. 5 – 18. In: Baudišová, D. (ed.): Sborník referátů ze semináře „Mikrobiologie vody 2002“, Ostravice
Hlaváčová, E., Rulík, M., Čáp, L., Baudišová, D. (2002): Nitrátová respirace a produkce oxidu dusného v hyporheických sedimentech malého nížinného toku Sitka. pp. 19 – 27. In: Baudišová, D. (ed.): Sborník referátů ze semináře „Mikrobiologie vody 2002“, Ostravice
Kočárková, A., Hekera, P., Rulík, M. (2002): Contribution to the knowledge of algae from the wetlands of Poleski National Park (east Poland). Czech Phycology, Olomouc 2: 69 – 74
Koutný, J., Rulík, M. (2002): Využití vybraných molekulárně biologických metod při studiu bakteriálních společenstev hyporheických sedimentů. pp. 31 – 35. In: Baudišová, D. (ed.): Sborník referátů ze semináře „Mikrobiologie vody 2002“, Ostravice
Kylbergerová, M., Pithart, D., Rulík, M. (2002): Algological survey of small floodplain backwaters. Algological Studies 104: 169 – 187
Rulík, M., Lamačová, J., Barták, P., Rolčík, J. (2002): Význam a využití metody analýzy fosfolipidových mastných kyselin pro charakteristiku a kvantifikaci mikrobiálních společenstev. pp. 54 – 62. In: Baudišová, D. (ed.): Sborník referátů ze semináře „Mikrobiologie vody 2002“, Ostravice
Rulík, M., Trulleyová, Š., Hlaváčová, E., Koutný J., Spáčil, R. (2002): Organic carbon cycling within hyporheic zone of a small lowland stream - abstract. In: Giuliano, L., Yakimov, Mikhail, M. (eds.): Program and Abstracts of the 8th Symposium on aquatic microbial Ecology SAME-8, Taormina, Italy, October 25-30, 2002, IAMC CNR Messina, Italy
Spáčil, R., Rulík, M. (2002): Extracelulární enzymatická aktivita říčního toku. pp. 70 –78. In: Baudišová, D. (ed.): Sborník referátů ze semináře „Mikrobiologie vody 2002“, Ostravice
Trulleyová, Š., Rulík, M. (2002): Význam a možnosti stanovení biodegradabilního rozpuštěného organického uhlíku ve vodách. pp. 87 – 93. In: Baudišová, D. (ed.): Sborník referátů ze semináře „Mikrobiologie vody 2002“, Ostravice
2001
*Jurajda, P., Rulík, M. (2001): Occurence of stone loach in the hyporheic zone. Folia zool. 50,3: 239 - 240
Rulík, M., Koutný, J., Spáčil, R., Trulleyová, Š.(2001): Mikrobiální biofilmy pískových rychlofiltrů: Poznatky z dosavadního výzkumu. SOVAK - Časopis oboru vodovodů a kanalizací 10,5: 9-12
Rulík, M., Trulleyová, Š., Koutný, J., Spáčil, R., Medková, J. (2001): Mikrobiální biofilmy pískových rychlofiltrů: poznatky z dosavadního výzkumu. pp. 46 - 56. In: Sborník semináře "Aktuální otázky vodárenské biologie 2001", Praha
*Rulík, M., Zavřelová, P., Duchoslav, M.(2001): Decomposition of two different POM types in surface water and within hyporheic sediments of a small lowland stream (Sitka, Czech Republic). Internat. Rev. Hydrobiol. 86, 4-5: 487 - 500
2000
Koutný, J., Rulík, M., Trulleyová, Š. (2000): Hyporheické baktérie - abundance a distribuce. pp. 22 - 25. In: Sborník referátů z 12. Limnologické konference, Kouty nad Desnou, 18.-22. 9. 2000
Merta, L., Rulík, M., Spáčil, R. (2000): Příspěvek k poznání životního prostředí larev mihulí. Bull. Lampetra, ZO ČSOP Vlašim, IV: 118 – 124
Pithart, D., Kylbergerová, M., Pechar, L., Hrbáček, J., Fiala, D., Bílý, M., Rulík, M. (2000): Fytoplankton aluviálních tůní. pp. 64 - 69. In: Pithart, D. (ed.): Sborník příspěvků z konference „Ekologie aluviálních tůní a říčních ramen“, Lužnice u Třeboně, 2.-3. 3. 2000
Poulíčková, A., Rulík, M. (2000): Bioindikace kvality vodního prostředí - současný stav a perspektivy. Bull. Lampetra, ZO ČSOP Vlašim, IV: 23 - 42
Rulík, M. (2000): Distribution of organic carbon (TOC) and nitrogen (TON) in small grain size mobile hyporheic sediments (Sitka stream, Czech Republic). Pol. Arch. Hydrobiol. 47,2: 305 – 313
Rulík, M. (2000): Přehled metod pro výzkum mikrobiálních biofilmů. pp. 27– 47. In: Baudišová, D. (ed.): Sb. ze semináře „Nové poznatky v mikrobiologii vody VIII“, Bedřichov, 17.-19. 10. 2000
Rulík, M. (2000)(ed.): Sborník referátů z 12. Limnologické konference „Limnologie na přelomu tisíciletí“ [Proceedings of the 12th Limnological Conference] , Kouty nad Desnou, 18.-22. 9. 2000, 342 pp.
Rulík, M., Čáp, L. (2000): Metan v intersticiální vodě říčních sedimentů jako ukazatel biodegradace přirozených organických látek. pp. 64. In: Halousková, O. (ed.): Sborník Biodegradace IV., Seč, 8.-9. 3. 2000
Rulík, M., Čáp, L., Hlaváčová, E. (2000): Methane in the hyporheic zone of a small lowland stream (Sitka, Czech Republic). Limnologica 30: 359 – 366
Rulík M. et al. (2000): Hydrobiologický průzkum vybraných odstavených ramen řeky Moravy. pp. 108 - 112. In: Pithart, D. (ed.): Sborník příspěvků z konference „Ekologie aluviálních tůní a říčních ramen“, Lužnice u Třeboně, 2.-3. 3.2000
Rulík, M., Hejzlar, J., Čáp, L., Hlaváčová, E., Popelka, J. (2000): Metan - významná složka DOC v intersticiální vodě hyporheických sedimentů. pp. 34 - 38. In: Sborník referátů z 12. Limnologické konference, Kouty nad Desnou, 18.-22. 9. 2000
Rulík, M., Trulleyová, Š., Koutný, J., Spáčil, R., Medková, J. (2000): Provozní využití metody měření proteinů. pp. 12 - 14. In: Sborník semináře "Aktuální otázky vodárenské biologie 2000", Praha
Šmaková, A., Rulík, M. (2000): Vývoj oživení v nově vytvořených tůních v CHKO Litovelké Pomoraví. pp. 132 - 134. In: Pithart, D. (ed.): Sborník příspěvků z konference „Ekologie aluviálních tůní a říčních ramen“, Lužnice u Třeboně, 2.-3. 3.2000
1999
Hekera, P., Rulík, M. (1999): Využití freeze-core metody při studiu dnových sedimentů. pp. 290 - 295. In: Zborník prednášok z konferencie "Sedimenty vodných tokov a nádrží“, Bratislava
Rulík, M., Spáčil, R. (1999): Assessment of extracellular enzyme activities of a- and b-glucosidase in sediments of a small lowland stream (Sitka stream, Czech Republic). Acta Univ. Palacki. Olomuc. Fac.rer. nat., Biol. 37: 99 - 105
Rulík, M., Spáčil, R., Čáp, L., Zavřelová, P., Koutný J., Hlaváčová, E., Popelka, J., Medková, J., Hekera, P. (1999): Role říčních sedimentů v koloběhu organického uhlíku. pp. 106 - 115. Zborník prednášok z konferencie "Sedimenty vodných tokov a nádrží“, Bratislava
Rulík, M., Spáčil, R., Trulleyová, Š. (1999): Stanovení mikrobiálních proteinů jako metoda kvantifikace biofilmů ve vodárenství. pp. 139 - 141. In: Sborník semináře "Aktuální otázky vodárenské biologie 1999", Praha
Spáčil, R., Rulík, M. (1999): Extracelulární enzymatická aktivita a- a b- glukosidázy v intersticiální vodě hyporheických sedimentů. pp. 184 - 190. In: Zborník prednášok z konferencie "Sedimenty vodných tokov a nádrží“, Bratislava
1998
Hekera, P., Rulík, M. (1998): Odběry vzorků říčních sedimentů (Sampling of river bedsediments). pp. 11 - 15. In: Sb. přednášek 32. semináře "Mikroelementy 98", Řež u Prahy
Kubíček, F., Rulík, M. (1998): L. Botosaneanu (ed.): Studies in Crenobiology. The Biology of Springs and Springbrooks. Backhuys Publishers, Leiden, 1998, 261 pp. Book review. Internat. Rev. Hydrobiol. 83, 5-6: 527
Linhart, J., Uvíra, V., Rulík, M., Rulíková, K. (1998): A study of the composition of phytomacrofauna in Batrachium aquatile vegetation. Acta Univ. Palacki. Olomuc. Fac.rer. nat., Biol. 36: 39 - 60
Rulík, M. (1998): Obecná charakteristika horských a podhorských toků. pp. 6-10. In: Poulíčková, A. (ed.): Ochrana horských a podhorských toků. Úvod do studia jejich biocenóz. Metodika ČSOP č. 18, Vlašim
Rulík, M. (1998): Zoobentos. pp. 71-86. In: Poulíčková, A. (ed.): Ochrana horských a podhorských toků. Úvod do studia jejich biocenóz. Metodika ČSOP č. 18, Vlašim
Rulík, M., Hekera, P. (1998): Interstitial dissolved organic carbon in sediments of Oberer Seebach (Ritrodat-Lunz study area, Austria). Acta Univ. Palacki. Olomuc. Fac.rer. nat., Biol. 36: 61 - 73
Rulík, M., Hekera, P. (1998): Occurence of both acetic and lactic acids in subsurface water of the bed sediments: comparison of two different localities. pp. 77 - 87. In: Bretschko, G., Helešic, J. (eds.): Advances in River Bottom Ecology. Backhuys Publishers, Leiden, The Netherlands
Spáčil, R., Rulík, M. (1998): Measurements of proteins in the hyporheic zone of Sitka stream, Czech Republic. Acta Univ. Palacki. Olomuc. Fac.rer. nat., Biol. 36: 75 - 82
1997
Kostkan, V., Rulík, M. (1997): Některé aspekty biologického hodnocení malých vodních elektráren na příkladu lokalit Stará Ves u Rýmařova a Ruda nad Moravou-Hrabenov. In: Adámek, Z. (ed): Vliv malých vodních elektráren na vodní prostředí. Bulletin VÚRH Vodňany 33,1/2: 137 – 148
Rulík, M. (1997): Dynamics and vertical distribution of particulate organic matter in river bed sediments (Morava River, Czech Republic). pp. 82 - 90. In: Gibert, J., Mathieu, J., Fournier, F. (eds.): Groundwater/surface water ecotones: Biological and hydrological interactions and management options. Cambridge University Press
Rulík, M. (1997): Organické látky v sedimentech říčního dna (Organic matter within the bedsediments). pp. 148 - 152. In: Lukavský, J., ˇŠvehlová, D. (eds.): Sborník referátů XI. Konference ČLS a SLS, Doubí u Třeboně.
Rulík, M., Uvíra, V., Rulíková, K., Hekera, P. (1997): Ecological characteristics of floodplain pools: A case study of the floodplain of the Morava River near Olomouc, Czech Republic. Acta Univ. Palacki. Olomuc. Fac.rer. nat., Biol. 35: 17 - 32
1996
Měkotová, J., Rulík, M., Kršková, M. (1996): Příspěvek k poznání rozšíření a ekologických nároků žábronožky sněžní (Siphonophanes grubii Dybowski, 1860) a listonoha jarního (Lepidurus apus L., 1758 v CHKO Litovelské Pomoraví. pp. 45 - 57. In: Sborník ze semináře "Ochrana biodiverzity drobných stojatých vod II", ZO ČSOP Vlašim.
Rulík, M., Wohlgemuth, E. (1996): Temporal and vertical distribution of Oligochaeta in hyporheic zone of Morava River (Czech Republic). Acta Univ. Palacki. Olomuc. Fac.rer. nat., Biol. 34: 35 – 46
1995
Rulík, M. (1995): The vertical distribution of macrozoobenthos in river bed sediments (Morava River, Czech republic). Folia Fac.Sci.Nat. Univ. Masarykianae Brunensis, Biologia 91: 129 – 142
Rulík, M., Hekera, P. (1995): Carboxylic organic acids (COA) in Oberer Seebach bed sediments. Jber.Biol.Stn Lunz 15: 47 – 53
Rulík, M., Měkotová, J. (1995): Program sledování jarních periodických tůní v CHKO Litovelské Pomoraví. Ochrana Přírody 50,3: 67 - 70
Rulík, M., Rulíková, K., Hekera, P., Uvíra, V. (1995): Chemismus vody a vodní makrofyta dvou tůn í v nivě řeky Moravy v CHKO Litovelské Pomoraví. Muzeum a současnost, Roztoky, ser. natur. 9: 61 - 72
1994
Kostkan, V., Rulík, M. (1994): EARTHWATCH poprvé na Moravě - poznatky a zkušenosti z 1. roku. Ochrana přírody 49,1: 11 – 13
Rulík, M. (1994): Chrostíkovec ozbrojený. Živa 42,2: 76 – 77
Rulík, M. (1994) K biologii pískovníka rybářského. Živa 42,4: 174 – 175
*Rulík, M. (1994): Vertical distribution of coarse particulate organic matter in river bed sediments (Morava River, Czech Republic). Regulated Rivers: Research & Management 9: 65 – 69
Rulík, M., Rulíková, K., Hekera, P., Uvíra, V. (1994): Physico-chemical conditions and aquatic macrophytes in floodplain pools of the Morava River. pp. 113 – 119. In: Aubrecht, G., Dick, G., Prentice, C. (eds.): Monitoring of ecological change in wetlands of Middle Europe. Proc. Internat. Workshop, Linz, Austria, 1993. Stapfia 31, Linz, Austria, and IWRB Publication No. 30, Slimbridge, UK
Viktora, L., Rulík, M. (1994): Příroda poloostrova Kola II. Živa 42,1: 28 – 29
1993
*Rulík, M. (1993): Contribution to the knowledge of the diet of the newt, Triturus alpestris. Folia zoologica 42,1: 33 - 45
Rulík, M., Viktora, L., Džubera, P. (1993): Příroda poloostrova Kola I. Živa 41,4: 152 – 153
1992
Rulík, M. (1992): Slunilka Fannia scalaris – zajímavý synantropní saprofág. Živa 40,5: 219
*Štěrba, O., Uvíra, V., Mathur, P., Rulík, M. (1992): Variations of the hyporheic zone through a riffle in the R. Morava, Czechoslovakia. Regulated Rivers: Research & Management 7: 31 – 43
1991
Rulík, M. (1991): Propadání Dunaje. Vesmír 70,8: 474
1988
Rulík, M. (1988): Akce „Rana“ aneb Žáby v kbelíku. Naší přírodou 8,2: 28-29
1987
Rulík, M. (1987): Daň civilizaci. Naší přírodou 7,2: 42
* časopis s IF
